DNA Sequence Assembler - DNA序列组装与突变检测软件-北京睿驰科技

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面向 DNA 序列组装、序列分析与突变检测的生物信息学软件

DNA Sequence Assembler 是用于 automatic DNA sequence assembly、DNA sequence analysis、contig editing、file format conversion 和 mutation detection 的生物信息学软件，适合对 DNA 测序样本进行组装、比对、编辑、格式转换和结果检查。

软件围绕 DNA Baser Sequence Assembler 的自动化组装流程展开，可对样本低质量区域、vector / primer 序列、contig 歧义碱基和输出保存等步骤进行处理。它也提供 chromatogram、assembly grid 和 contig map 的同步查看方式，便于在项目中查看序列、色谱图和组装结果。

自动化组装流程

1

低质量区域处理

自动检测并修剪样本中的低质量区域，减少人工逐条检查序列末端的工作量。

2

载体与引物修剪

自动处理 vector / primer sequences，支持序列组装前的数据清理流程。

3

Contig 歧义校正

自动校正 contig 中的 ambiguous bases，并支持在不匹配和歧义位置之间导航。

4

结果保存

可自动保存 contig、log 和 project data，便于后续检查、编辑或继续添加样本。

序列分析与编辑能力

参考序列组装与比对

支持将多个 DNA samples 组装或比对到 reference sequence，也可按名称批量组装或比对序列组，并识别 sequence pairs。

色谱图查看与标记

可预览 FASTA sequences 和 chromatograms，并用颜色标记 discrepancies、low-quality areas 等特定色谱图区域。

突变检测

支持 double peak mutations 检测，也可检测两个或多个 chromatograms 之间的 mutations。

碱基质量处理

提供 embedded base caller，可用于重新调用未确定的 N bases，并重新评估 base quality（QV）。

同步项目视图

通过 synchronized chromatogram、assembly grid 和 contig map 查看项目，有助于同时核对序列、色谱峰与重叠群位置。

项目保存与继续编辑

可将 input sequences、contig 和 user edits 等项目内容保存到磁盘，便于后续检查、编辑或添加更多样本。

文件格式与数据处理

序列格式	支持 ABI、SCF、SEQ、TXT、FASTA、multiFasta、GBK 和 multiGbk 等 DNA 文件格式。
格式转换	支持 ABI、SCF、SEQ、FASTA、multi-FASTA 和 GBK 等格式之间的转换或批量转换。
色谱图文件	提供 ABI 和 SCF chromatogram viewer / editor，用于查看、分析和编辑色谱图数据。
批量处理	支持 batch sequence processing，包括批量末端修剪、vector removal、metadata integration 和 FASTA conversion 等流程。

嵌入式生物学工具

Batch sequence processing：用于批量序列处理，包括末端修剪、载体去除、元数据集成和 FASTA 转换。
Clone library dereplicator：用于克隆库相关去重复处理。
Everything to multi-FASTA converter：用于将多类输入转换为 multi-FASTA。
Everything to FASTA converter：用于将多类输入转换为 FASTA。
GenBank to FASTA converter：用于 GenBank 到 FASTA 的格式转换。
Reverse complement：用于反向互补序列处理。

软件图示展示

DNA Sequence Assembler 序列组装界面

DNA Sequence Assembler 序列分析与项目视图

系统与兼容性

基础系统要求包括 Pentium I、0.1 GB RAM、Windows XP 或后续版本、4 MB 可用空间，以及 1024 × 768 显示分辨率。兼容 Windows 2000、Windows XP、Windows 2003、Windows Vista、Windows 7、Windows 8 和 Windows 10；Mac OS 可通过 Parallels / Bootcamp 使用，Linux 可通过 WinE 使用。该程序不适合 large meta-genomics projects。