物种与菌株识别
从混合序列集合中指定需要识别的目标，分析各序列的特异位置，并为目标序列设计对应的引物与探针组合。
AlleleID - 物种识别和分类鉴定软件
用于设计 PCR、qPCR、测序和病原体分析引物与探针的生物信息学软件
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AlleleID 以多序列比对为基础，面向物种、菌株和类群之间的保守区域与特异区域分析，并据此组织实时荧光定量 PCR、xMAP 和微阵列相关的引物、探针与寡核苷酸设计任务。
当前版本AlleleID 7.85
分析基础多序列比对与区域识别
设计对象引物、探针与微阵列寡核苷酸
运行方式Windows 桌面软件
围绕物种、菌株和类群组织检测设计
软件并非只完成单条序列的常规引物搜索，而是先比较一组相关序列，再根据需要识别差异区域或保守区域。
类群与跨物种检测
查找相关序列之间的保守区域，为一个类群或一组相关生物设计通用探针；当单一保守区域不足时，可进一步考虑错配容忍或多探针组合。
等位基因与变异分析
围绕 SNP、野生型和突变型序列开展等位基因区分，并可将预先设计的引物或探针纳入后续兼容性设计。
从序列集合到候选检测方案
导入并整理序列
载入 FASTA、GenBank 序列或已有比对结果，并在项目中组织目标序列和相关序列。
识别差异与保守区域
通过 ClustalW 多序列比对观察特异碱基、同源区域和可用于类群检测的保守片段。
设置设计策略
根据任务选择独立引物、优化引物、单一探针、错配容忍探针或 Minimal Set 等设计方式。
比较候选并输出
查看候选寡核苷酸的属性、位置与结构信息，生成报告或将结果导出到后续整理流程。
用不同策略处理保守性与差异性
在相关序列中寻找可共用的检测区域
类群或跨物种检测可从保守区域出发，设计通用探针及其两侧引物。对于保守性不足的序列集合，软件提供错配容忍与多探针策略。
- 保守探针配合保守引物或优化引物
- 将允许的错配尽量安排在靠近 5′ 端的位置
- 在单一探针不可行时设计覆盖序列集合的探针组合
围绕特异位置区分目标序列
物种识别任务可在比对结果中查找每条目标序列的特异碱基，并把探针布置在相应区域附近。引物可按每条序列分别设计，也可采用优化策略减少所需引物组合。
- 为各目标序列分别配置探针和引物
- 利用探针组合区分多条目标序列
- 结合 Minimal Set 减少完成识别所需的探针数量
覆盖多种引物、探针与阵列设计任务
| 设计类型 | 可处理的任务 | 设计关注点 |
|---|---|---|
| SYBR Green 引物 | 实时荧光定量 PCR、SNP 位点扩增及已有引物的配套设计 | 同源区域、模板二级结构、热力学参数与引物二聚体 |
| TaqMan 与 MGB 探针 | 物种、等位基因和 SNP 检测，以及已有引物或探针的兼容设计 | 探针结构、重复序列、连续相同碱基及与引物组合的适配 |
| 分子信标与 FRET 探针 | 实时 PCR 与等位基因区分相关的探针设计 | 探针结构、标记位置、候选排序及已有检测方案评估 |
| xMAP 检测 | 相关菌株的多重区分及单模板核酸检测寡核苷酸设计 | 多重集合兼容性和已验证寡核苷酸的复用 |
| 微阵列探针 | 物种识别、跨物种表达、SNP 分型、表达分析与剪接变体检测 | 均一的设计条件、特异性区域、外显子与连接区域 |
在界面中复核候选位置与组合关系
多序列比对视图
最小探针集合
TaqMan 探针结果
外显子连接引物
项目管理、结果查看与数据交换
输入与项目组织
支持标准 FASTA 和 GenBank 序列，并可从 GenBank 变异描述中读取 SNP 信息。项目和本地数据库用于组织序列信息与搜索结果。
结果查看与报告
可图形化显示引物和探针在序列上的位置，报告中可包含候选列表、扩增产物、序列属性及所用设计参数。
BLAST 与同源区域
软件可调用 BLAST 搜索并解释返回结果，用于识别需要避开的同源区域；在线搜索依赖网络连接和相应数据库服务。
数据导出
结果可采用制表符分隔格式导出，便于在电子表格或其他数据库流程中继续整理和使用。
部署前确认运行环境与外部服务
当前公开配置
最低配置列出 Pentium IV 1.80 GHz、1 GB 可用内存、500 MB 可用磁盘空间及 800 × 600 分辨率；建议配置为第三代 Intel Core i3、2 GB 或更高可用内存、1 GB 可用磁盘空间及 1024 × 768 分辨率。
操作系统范围
当前系统要求列出的 Windows 平台为 XP、Vista、Windows 7、Windows 8 和 Windows 10。计划在其他系统中部署时，应在采购或升级前确认兼容性。
使用提示：NCBI 数据库、BLAST 及其他在线服务可能随服务端更新而变化；涉及联网检索的流程应结合实际网络环境进行验证。
采购与服务说明
如需评估 AlleleID 是否适合现有序列数据、检测体系或运行环境，可在采购前确认版本、授权方式、目标操作系统以及所需在线数据库访问条件。
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