Geneious - 基因组设计与分析软件

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·在GeneiousPrime中设计引物        

·在Geneious中查看文档和序列        

·如何在Geneious Prime中注释序列        

·如何通过命令行运行 Geneious 操作        

Geneious是一款综合、跨平台的生物信息学软件，包括操作、发现、共享和探索生物数据，例如DNA序列或蛋白质，系统进化，三维结构信息，出版文献等。它的功能包括序列比对和系统学分析，毗连群，引物设计和克隆和限制性分析，使用NCBI和EMBL，BLAST，蛋白质结构查看，自动化医学搜索等。它甚至包含了一个API，您可以创建您的个人生物信息插件。

Geneious主要功能：

1. NGS分析和基因组学

使用行业算法（包括SPAdes，TopHat和Minimap2）从头组装Illumina、PacBio或Nanopore读数（配对末端、条形码）的组装或参考图。数据分析，包括基因组浏览器、重叠群可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式。

2. 序列图和色谱分析

修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件，正确的碱基调用并创建一致序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。

3. 对齐和树构建

使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树，并为公开准备的图形调整显示设置。

4. 分子克隆

查看质粒图，自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。设计引物，找到CRISPR站点并改善密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。

5. 搜索、共享和自动化

对NCBI进行批处理BLAST，并直接搜索GenBank。导入和导出大多数行业标准文件格式。通过共享数据库集中处理数据进行协作。设置自动化的工作流程，以提高效率，控制业务流程，并减少研究中的人为错误。

6. 通用服务器数据库

更高的控制程度和更高的安全性，可通过标准共享数据库为组织通过数据访问权限。同步存储位置，可供多个并发用户访问的通用数据。可以利用LDAP等现有身份证基础架构来保护您的数据并简化账户管理。

7. SnapGene文件导入

将SnapGene*.gna序列文件拖放到Geneious中，导入序列及其注释和其他元数据。

8. CRISPR-CPF1特异性评分

自信地选择CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分，这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。

9. 智能NGS导入

只需一个简单的步骤就可以将任意类型的SAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的样品和参考序列的混合物。

10. CRISPR Cpf1选项

添加了CRISPR-CPF1与5' PAM位点的支持。在A和T序列中找到位点，并在体内具有更高的裂解效率。

11. RNA-Seq表达分析的火山图

在交互式火山图中可视化基因表达，可以用来突出和跳转到差异表达基因。

12. 限制性位点无表型突变分析

自动识别在不影响蛋白质的情况下引入限制位点的编码序列中的点突变。

13. 漂亮的PCA图

具有更好的标签和新的可视化选项，创建漂亮的PCA图形。

14. 创建酶制剂

不再从其他来源获取信息。现在您可以很方便地创建您自己的酶组。

15. 更好的FASTQ导入功能

在导入过程中，成对读取可以相互关联，而Geneious会猜出它们是如何配对的。还可以设置读取技术。

16. 为细菌基因组比对更新Mauve插件

现在包括对序列列表的支持和用于重新排序重叠群的MCM操作，使draft基因组对齐和进行基因组整理成为可能。

17. 更好的BLAST服务器管理

一次设置多个BLAST服务器镜像，每次搜索时，选择较好的。不用每次切换镜像。

18. NCBI BLAST云支持

有了NCBI BLAST云之后，设置您自己的BLAST镜像变得更为方便。如果您以这种方式创建镜像，Geneious可以与它连接起来。

19. 按索引连接

连接序列列表并按索引对齐，而不是按照名称对齐，这对于合并不全重叠的成对读取很有用。

20. 序列列表的CSV/TSV导出

将序列表中的序列连同它们的元数据一起导出到CSV/TSV中，这样您就可以将它们放在Excel中或的情况下进行进一步的分析。

Geneious Prime 2023的新功能

Geneious Prime 2023带来了改进的引物设计和克隆。亮点包括引物特异性测试、克隆验证、STAR RNA-seq映射器和CRISPR改进。

引物特异性测试

通过新的引物特异性测试一步设计目标特异性引物。

克隆验证

用于在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新可视化工具。

STAR RNA-seq映射器

添加了STAR，这是一种RNA-seq映射器，可执行高度准确的拼接序列比对。

CRISPR改进

添加了更多PAM和选择单个序列进行特异性测试的能力。

操作系统：

Windows：

Windows 7、8、8.1、10和11。请注意，Geneious Prime 2020及更高版本不支持32位Windows

注意：Windows不支持以下插件：TopHat，Velvet Optimiser

注意：使用Spades和Flye插件需要Windows 10以及用于Linux子系统

Linux：

Geneous R10及更高版本：Ubuntu桌面LTS（18.04和20.04）

Geneous R9及更早版本：Ubuntu Desktop LTS 16.04

请注意，Geneous R10及以上版本不支持32位linux。

MacOS：

支持的Apple操作系统根据您所运行的Geneious版本而有所不同，如下所示：

Geneous Prime 2020-2022：MacOS 10.11及更高版本

Geneous Prime 2019：MacOS 10.8-10.15*

Geneous R10和R11:MacOS 10.8-10.14

Geneous R9:MacOS 10.6-10.14

运行Geneous Prime的系统要求：

这在很大程度上取决于您将使用Geneous Prime的工作类型，但至少建议以下内容：

处理器：×86 64-bit

内存：2GB或更高

硬盘：2GB或更多可用空间

Video：1024×768分辨率或更高

Geneious的解决方案

广泛的解决方案在小型生物技术初创企业，大型制药组织，学术团体以及介于两者之间的人都使用Geneious序列数据管理，鼓励一致性和协作性并加上分析速度。

• 生物制药药物发现

从事治疗抗体研发的企业正在选择Geneious Biologics，以方便地探查大量抗体序列信息，以缩小对成功候选者的搜索范围并进行更快的更新。

如何运作：Geneious Biologics与Geneious Prime相互操作。云集成使用户可以将序列数据从Geneious Biologics实时传输到Geneious Prime，反之亦然，从而简化了用于下游处理的NGS抗体的传输。

尽量减少在应用程序之间导出NGS和化验数据的需要，削减了重大的数据管理挑战，并降低了数据丢失。在Geneious Biologics云平台上管理的工作流是可记录和可溯源的，从而简化了整个药物返现过程中抗体NGS数据流。在云中整合抗体研究数据还可以减缓信息的可追溯性，这是保护关键IP的考虑因素。

• 商业生命科学：

在制药，诊断和农业科学等众多领域工作的组织使用Geneious Prime来提高团队的效率并释放序列数据的价值。

如何运作：Geneious Prime的互操作性，包括API，插件开发和创建工作流的能力，意味着科学可以更快地完成。集中化程序列数据管理和分析可减少团队之间的混乱，并很大程度地提高写作的收益。

Geneious Prime提供了市场广泛的分析工具。方便的分子克隆应用程序是随行业趋势而更新的，并且诸如组装，比对和BLAST搜索之类的工具在的套件中都可用。用户可以迅速掌握Geneious Prime的直观设计，从而减少了训练团队的时间。

• 学术与政府研究

学生，学者和政府人员可以控制他们的序列数据并发现有价值的见解。Geneious Prime在赋予科学力量方面的声誉使其成功被引用次数很多的序列分析和管理关键。

如何运行：由于其运行的性，Geneious Prime在众多研究学科中扮演着紧要的角色。可以方便地导入或转换NGS在内的数据类型，从而使科学家可以利用新的测序技术，并很大限度地利用旧数据集的价值。

系统发育学家可以使用较好的同行评审算法来比对序列和构建树。可以在实验室工作之前设计克隆策略。可以注释基因组，并使用功能的工具检测变异。序列可以对齐和组装。

Geneious Prime是教学学科基础知识的工具，因为它为学习者提供了直观的接触点。

【英文介绍】

Geneious Prime is the most cited molecular biology and sequence analysis software in the world.

We at Geneious believe that a mastery of billogy can make the word a better place, from hunab, animal, and plant health, to bioengineering of cleaner industrial inputs and better enviromental management. Geneious bioinformatics software solutions are created from deep expertise and imagination and empower custpmers by turning the difficult into the intuitive and easy.

Geneious Prime is packed with fundamental molecular biology tools that we've created with input from real scientists around the world. Geneious Prime's molecular biology and NGS analysis tools include cloning, Primer design, and de nove assembly, and can be customized with plugins and algorithms.

Everything you need, all in one place

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