TOPAS Academic使用指南:jEdit操作与Rietveld精修
jEdit是一款功能强大的文本编辑器,特别适合用于创建和编辑各种文本文件,包括用于科研数据处理的输入文件。下面,我们将通过几个简单示例,演示如何在jEdit中创建Topas输入文件,并进行Rietveld精修。
首先,确保您已经安装了topas_durham宏。这些宏包含了一些常用的Topas指令,可以简化在jEdit中进行Rietveld精修的过程。如果您还没有这些宏,请将它们保存在jEdit的.xinsert目录中(通常为C:\Documents and Settings\用户名.jedit\xinsert)。保存后,退出并重新启动jEdit,确保宏能够正常加载。
接下来,我们将以一个简单的实验室Rietveld精修为例,演示如何运行。
示例一:简单的实验室Rietveld精修
首先,将包含实验数据的文件(例如d5_05005.raw)和晶体结构文件(例如金红石.cif)保存在同一目录中。这些文件分别代表了X射线数据收集的结果和待精修的晶体结构信息。
启动jEdit后,打开“简单Rietveld细化”菜单。在这里,您可以找到执行Rietveld精修所需的所有指令。首先,点击“选择数据文件”按钮,并选择您刚才保存的d5_05005.raw文件。然后,在“Instrument/Corrections”文件夹中,选择“Durham_d5000_scint”作为您使用的衍射仪。接下来,点击“优化零点”以进行零点校正。
接着,进入“Structure – cif”文件夹,点击“读取CIF文件”并选择金红石.cif文件。这将导入晶体结构信息到jEdit中。
现在,您可以点击“->TA”按钮来保存文件并通知Topas Academic这是您想要进行精修的文件。jEdit会自动为文件生成一个合适的名称和扩展名。如果您需要更改文件名,也可以在此处进行修改。
保存文件后,点击“TA”按钮以启动Topas Academic。在Topas Academic界面中,您可以看到jEdit生成的输入文件已经加载完成。此时,您可以点击“运行”按钮(通常是一个指向右侧的三角形图标)开始Rietveld精修过程。
图:TOPAS Academic 结构查看器
精修完成后,您可以返回jEdit查看更新后的输入文件。如果需要对温度系数进行细化,可以在每个站点行的末尾添加“beq @ 0”短语。通过列高亮每行的末尾并键入该短语,您可以快速完成此指令。这将告诉Topas Academic对温度系数进行精修。
除了简单的实验室Rietveld精修外,jEdit还可以用于执行其他类型的精修任务。例如,您可以尝试进行简单的飞行时间改进或Pawley改进。
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