TOPAS-Academic 教程 - PbSO4峰值拟合与索引

 

在这个教程中,我们将对PbSO4的实验室X射线数据进行索引,首先进行峰值拟合,然后使用这些峰值位置和强度进行索引运算。

 

PbSO4峰值拟合与索引

 

首先在jEdit中点击图标,从浏览器中选择文件TA-Tutorials\data\rutile\d5_05005.raw。选择数据文件后,将在同一目录下创建一个名为 .inp 的topas运行输入文件。

 

现在我们使用TA来获取初始峰值位置进行峰值拟合。在TA中使用“文件/导入数据文件”菜单选项加载pbso4.raw文件。通过检查图案,可以看出拟合从15到61度2Th的x轴区域应足以进行索引。

 

在TA中使用“查看/搜索峰值”菜单选项插入峰值。检查插入的峰值,并添加/移除峰值,使它们的位置看起来合理。

 

展开TA树视图到“峰值阶段”,点击名为“位置”的列标题。右键点击黄色列并执行“复制全部/选择”。这会将峰值位置复制到剪贴板。TA屏幕应如下所示:

 

 

将峰值位置粘贴到jEdit中。

 

打开XInsert节点“TOPAS-Academic, INP格式/扫描文件级别”。点击“发射谱图”并插入CuKa5发射谱图。

 

打开XInsret节点“背景”并点击“Chubychev”。

 

打开XInsret节点“仪器”并点击“衍射仪半径”、“狭缝宽度”、“发散角”和“全轴模型”;输入适当的仪器值。

 

打开XInsret节点“杂项”并点击“起始_X”和“结束_X”,输入适当的值。

 

打开XInsret节点“阶段级别 - xo_Is”并点击“xo_Is”、“CS_L”、“CS_G”、“Strain_L”和“Strain_G”。

 

将峰值位置放在“load xo I { }”文本的大括号内。

 

jEdit屏幕现在应如下所示:

 

 

请注意,用户通常应该了解与接收狭缝宽度、轴向发散参数、发散、发射谱图等相关的仪器条件。

 

未包含零误差,因为峰值可以独立移动。由于不需要峰值强度,也没有包含洛伦兹偏振因子。

 

还请注意,使用xo_Is阶段来拟合峰值,并且jEdit列光标用于插入'@'列和'1'的强度。

 

此时,可能有用的是了解jEdit列复制/光标功能。如果已安装INP按键,则创建列光标:

 

按Ctrl-KeyPad_Plus;jEdit状态行应显示一个“R”,表示矩形模式开启。

 

按住Shift键并向下箭头,你应该看到一个列光标。

 

键入字符@,你应该看到一个'@'字符的列。键入另一个字符看看会发生什么。

 

要剪切列,请按Ctrl-KeyPad_Plus,按住Shift键并使用箭头键选择所需的矩形。按Shift-Del剪切列。移动到您希望粘贴列的位置并按Shift-Ins。

 

要关闭矩形模式,然后按Ctrl-KeyPad_Minus。请注意,在jEdit中列复制/粘贴成效较好,花一两分钟时间熟悉它是值得的。在XInsert节点“TOPAS-Academic, INP格式 / 帮助”下有“键盘基础知识”,值得一看。

 

点击图标 ,它将当前INP文件的名称发送到主TA目录下名为LAUNCH_FILE.TXT的文本文件中。这只是指示TA槽作此INP文件。

Alt-Tab切换到TA并进行微调。峰值拟合应如下所示:

 

 

重要的是仔细查看拟合情况,并确保峰值在拟合过程中没有偏离其大致位置。显示的垂直峰值线有助于此过程。请注意,TA的演示版本不显示峰值线。

 

索引

 

现在我们将在索引运行中使用精炼的峰值位置。

 

将pbso4.inp文件另存为名为indexing.inp的文件。我们将修改此文件以执行索引。

 

删除INP文件中除了峰值位置和强度之外的所有内容。

 

打开名为“索引”的XInsert节点,沿树向下工作,使INP文件看起来如下所示:

 

 

点击图标 Alt-Tab切换到TA并进行微调。

索引运行产生一个与INP文件同名但扩展名为NDX的文件,并且位于INP文件的同一目录中。将此文件,INDEXING.NDX,加载到jEdit中。一部分应如下所示:

 

 

这里我们看到正确的晶格参数已被确定。请注意,PbSO4的空间群是Pbnm。FOM蕞高的解是Pna21。然而,就粉末数据而言,Pna21与Pbnm有相同的线;参见技术参考的第12.6表。因此,确定了正确的空间群分组。

 

indexing.ndx中包含的解决方案可以使用TA图形化地查看。

 

首先使用TA菜单选项“文件/导入INP文件”将indexing.inp加载到TA中。

 

从jEdit复制indexing.ndx文件的全部内容到剪贴板。Alt-Tab切换到TA。点击索引范围的解决方案选项卡并执行“粘贴INP到节点/选择”选项。点击其中一个索引解决方案,TA屏幕现在应如下所示:

 

请注意,对于319的真实解的倍数的体积观察到高FOM值。

 

还请注意,当使用GUI不理解的关键词时,将indexing.inp加载到TA中是不可能的。在这种情况下,可以使用TA的“全局”树视图项下找到的“创建索引范围”选项手动创建一个索引范围。创建索引范围后,可以将2Th/强度峰值从jEdit复制并粘贴到TA的“数据”选项卡中。可以使用TA菜单选项“窗口/新建扫描窗口”创建一个用于显示索引峰值位置的窗口。因此,索引解决方案的图形显示总是可以轻松显示的。

 

这完成了峰值拟合和索引

 

 

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