FlowJo 软件资讯：11.2 版本发布说明

发布日期：2026 年 5 月 29 日

11.2 版本主要围绕新增的 Cluster Explorer 功能以及满足用户对算法和直方图控制的需求而发布。

新增功能

Cluster Explorer（聚类探索器）
FlowJo v11.2 新增了一个上下文模块，使用户能够快速、灵活地可视化聚类结果。该探索器包含以下组件：

• 彩色二维叠加图：显示选定父群组的所有子群体，用户可灵活地将聚类结果与手动绘制的门控进行对比。若存在降维参数，叠加图会自动选用这些参数，用户也可手动更改。

• 条形图：比较各群体的大小。

• 折线图：显示所有选定参数下各聚类的表达中位数，帮助用户理解每个聚类由哪些细胞构成，以及不同聚类之间的表达强度差异。

• 热图：同样显示所有聚类在所有选定参数上的中位强度。在热图中选择一行，该聚类将在所有图中被高亮显示。

报告中的直方图叠加控制

• 归一化：增加了单位面积归一化、模态归一化和手动归一化选项，为数据比较提供多种方式。

• 偏移：通过滑块实现，用户可根据图形尺寸在范围内自由调整直方图的堆叠间距。

• 透明度：可通过颜色选择器上的滑块进行控制。

FlowSOM 算法
该算法由 Sophie Van Gassen 在比利时 VIB 的 Saeys 实验室开发，现已加入 FlowJo 的算法平台列表，为用户提供了新的聚类工具选择。FlowSOM 是一个两步算法：首先使用自组织映射将数据建模为一系列节点，再对节点进行聚类。

UMAP 降维算法
UMAP（合并流形逼近与投影）是由 Leland McInnes 开发的降维算法，允许用户在低维图上表示高维数据。UMAP 是 tSNE 的替代方案，能更好地保留数据的全局结构。

图像集（Image Sets）
Image Wall 中新增了图像集工具，允许用户手动精选一组特别感兴趣的图像。将图像选入图像集后，该细胞会自动添加到分析层级中的新群体中。用户可由此构建更精简的图像集，并以非线性方式优化门控，同时为需要训练数据的更复杂图像分析奠定基础。

BD Access Portal 集成
配合 BD AP 2.7 的更新，若计算机上已安装 BD AP，FlowJo 现在会自动启动该程序，用户无需手动启动。此外，启动界面增加了“登录”按钮（如需要）和帮助文档链接。登录窗口现包含诊断工具，可用于问题排查。

改进项

分析层级与图形

• “父群组频率”已添加为默认层级选项。

• 改进了选择群体时显示的参数。

• 默认门控名称的位置已偏移。

元数据管理器

• 在“关键词”选项卡中，按键盘“Enter”键可跳转到下一行。

解混（Unmixing）

• 处理了来自 Chorus 的校正矩阵。

• 增加了“百分数 vs. 比率”选项，用户可控制归一化。

• 简化了自发荧光提取工作流程。

• 解混矩阵的调色板已扩展。

表格

• 列标题可自定义修改名称。

• 排序功能得到改进。

报告

• 撤销功能得到改进。

• 主图中的修改现可与报告联动。

• 报告图例得到改进。

• 表格和图例中的列可修改名称。

• PDF 导出的页数不再受限（此前版本限制约 50 页）。

图像分析

• 现可保存多个滤镜集，并一键应用于样本。

通用

• 改进了对 Sony 数据的处理。

限制与高优先级问题

认证

• BD Access Portal 可能被防护软件（尤其是 Z-scaler 和 Crowd Strike）拦截。

质量控制

• 参数选择器尚未支持参数集筛选。

分析层级与图形

• Graph Gallery 中的“Active Gate”选择会显示父群体的参数，且无法调整。应对方法：使用“View Target Population”。

• Properties 面板的参数选择器允许用户在不选择参数的情况下选择参数集，可能导致使用不在当前参数集中的参数。

• 热图统计图在 QC 生成的“Good Events”群体上无法正常显示，仅产生蓝色图块。

图像分析

• 右键点击分析层级中的图像集并选择“Copy Image Set”仅会粘贴文本。应对方法：右键点击图像集中的图像并进行相同编辑，即可粘贴图像。

表格

• 不支持通过拖放重新排序列。

报告

• 直方图偏移尚不支持错层排列以创建立体视觉呈现。

通用

• 长时间运行的计算可能占用大量计算机资源，导致在计算期间难以运行其他程序。