GlycanExplorer 软件：谱图匹配与计算机模拟碎片匹配

质谱技术的新进展为生物制药和生物医学分析开辟了新的维度。单克隆抗体（mAbs）正成为生物制药行业增长的重要驱动力。糖蛋白分子中单糖组成、糖苷键连接方式及糖链丰度等信息，对于理解不同药物的成效及批次间一致性具有重要意义。这推动了串联质谱（MS/MS）技术的发展，该技术已被证实在此方面较一级质谱（Full MS）更具优势。

传统方法：计算机模拟碎片匹配

传统的基于 MS/MS 的鉴定策略是根据实验 MS/MS 谱图中存在的理论碎片（与糖链结构相关）的数量来识别候选糖链结构。该方法需要获取糖链所有可能的理论碎片，以便与实验碎片进行比对。随着时间推移，人们认识到这种计算机模拟碎片匹配策略在发现性研究中成效良好，但对于生物制药行业而言可能并非理想选择，原因在于该行业所处理的分子类型及采用的工作流程有所不同。生物制药企业通常对预先表征过的分子采用靶向分析工作流程，因此采用耗时的从头鉴定策略未必合理。

新方法：谱图模式匹配

一种新兴技术——谱图模式匹配（Spectral Pattern Matching）——可应对上述挑战。该过程涉及在一组特定的仪器和实验条件下，利用预先分析过的糖链标准品构建谱图库。与计算机模拟碎片相比，参考谱图包含更精准的碎片信息，从而使鉴定结果更可靠且更省时。

GlycanExplorer 的组合搜索机制

除了单独的计算机模拟匹配和谱图匹配算法外，部分软件产品（如 GlycanExplorer）配备了独特的搜索机制，可为糖链鉴定提供双重置信度。该机制结合了两种方法的优势，在保证鉴定效率的同时提高了结果的可靠性，尤其适用于对准确性和重现性要求较高的生物制药质量控制场景。